Alur cerita Fate/Prototype berlangsung di timeline tersendiri, delapan tahun setelah Perang Cawan Suci Pertama yang tragis, yang dikenal sebagai ritual "Heaven's Feel".
Karakter utamanya adalah Ayaka Sajyou dengan servant kelas Saber, Arthur Pendragon.
Ini adalah konsep asli Kinoko Nasu di Fate/stay night sebelum dirombak seperti yang dikenal sekarang.
Konsep Prototype ini belum diadaptasi menjadi serial penuh, hanya ada film animasi pendek dan catatan produksi yang merinci ceritanya.
Fate/Prototype dan Perang Cawan Suci
Kisah dimulai dengan Ayaka Sajyou, seorang magus yang merupakan anggota terakhir yang selamat dari keluarga Sajyou yang mencoba menjalani hidupnya senormal mungkin, sambil menghindari segala keterkaitan dengan masa lalunya dan Perang Cawan Suci.
Namun, takdir Ayaka telah disegel sejak hari ketika ayah dan kakak perempuannya yang terkemuka, Manaka Sajyou, dibunuh selama Perang Cawan Suci Pertama, delapan tahun yang lalu. Bahkan sekarang, dia masih ingat kata-kata terakhir ayahnya sebelum kematiannya, "Kau tidak punya pilihan selain memasuki Heaven's Feel".
Pada peringatan kedelapan kematian keluarganya, Ayaka mengalami pertemuan misterius dengan Sancraid Phahn yang memperingatkannya bahwa Perang Cawan Suci Kedua akan segera dimulai dan dia tidak bisa melarikan diri darinya.
Malam itu, Ayaka dikejar oleh seorang pria misterius dengan makhluk-makhluk ganas, yang menusuknya dengan senjatanya. Dia diselamatkan tepat waktu oleh pancaran suci yang memanggil seorang prajurit yang menyelamatkannya. Sekarang, Ayaka tidak punya pilihan selain memasuki Perang Cawan Suci Kedua dan bertahan hidup.
Prototipe memiliki Para Master yang memiliki "Master Degree", yang diberi nama mengikuti hierarki malaikat mulai dari Ordo ke-7 ke atas. Jadi ada Princess, Power, Virtue, Dominion, Throne, Cherubim, Sherapim.
Posisi Ayaka sebagai Master berada di Ordo ke-7 atau Princess.
Di sini, Cawan Suci masih menjadi objek yang sangat didambakan. Namun, kegelapan yang terkandung di dalam "Cawan Suci" secara bertahap terungkap seiring para karakter berjuang satu sama lain untuk memenangkan perang.
Draf Awal Fate/stay night
Versi asli Fate/stay night, yang awalnya disebut Fate Skipper dan sekarang disebut Old Fate dan Fate Origin, adalah sebuah novel yang ditulis Nasu saat SMA, yang akhirnya dirancang ulang secara besar-besaran sebagai visual novel agar sesuai dengan target audiens.
Karena merasa sayang untuk sepenuhnya meninggalkan banyak "pesona asli" yang dibuang, dan ingin memanfaatkannya dengan cara tertentu setiap tahunnya. Dua puluh tahun setelah awalnya ditulis, mereka memutuskan untuk memanfaatkan perilisan Carnival Phantasm, mengesampingkan proposal lain seperti Princess Arcueid VS Saber Lily atau adegan dari Tsukihime 2, untuk proyek ulang tahun kesepuluh perusahaan yang terlambat.
Mereka memutuskan untuk membingkai animasi seperti trailer film, memanfaatkan bagian-bagian terbaik dan tetap menceritakan kisah dengan benar.
Nasu merasa bahwa ide utama karya tersebut bergaya romansa tahun 80-an, "Kisah tentang merevolusi dunia", dan sangat tertarik untuk kembali ke karya tersebut. Perbedaan besar dalam mendapatkan Cawan Suci dari versi asli hingga produk akhir di Fate/stay night dapat dikatakan mewakili perubahan tren pada periode tersebut.
Ayaka Sajyou adalah protagonis sebelumnya dari Fate/stay night, yang kemudian digantikan oleh Shirou Emiya.
Ayaka tampak sebagai orang yang sangat insecure, trauma setelah Perang Cawan Suci sebelumnya setelah ayah dan saudara perempuannya meninggal karenanya, dan tidak mau bergabung dalam perang yang sekarang.
Fate/Prototype: Fragments of Sky Silver
Dalam Fate/Prototype: Fragments of Sky Silver, sebagian besar cerita ditulis dalam fragmen dari berbagai perspektif berbeda dari masing-masing Master, Servant, dan Magi yang merupakan peserta atau pengamat dalam Perang Cawan Suci Pertama.
Setiap novel berfokus pada satu atau beberapa protagonis yang berbeda. Kisah Fragments of Sky Silver berlatar di kota Tokyo pada tahun 1991, di mana Cawan Suci Tokyo Pertama sedang diinisiasi.
Lokasi utama yang dicakup oleh novel dan CD drama meliputi distrik Akihabara, Ikebukuro, Ginza, Setagaya, Minato, Shimbashi, dan Yokohama, dengan satu pertempuran besar yang terjadi di atas Teluk Tokyo.
Tempat-tempat penting lainnya yang ditampilkan adalah gedung Sunshine 60, Yushima Seidou, dan Balai Pameran Sejarah Kereta Api Stasiun Shimbashi Lama, tempat Cawan Suci Agung berada.